Die erste Saison in der OÖ Liga verlief durchwachsen. Am Ende der Herbstmeisterschaft befand sich die von Christian Hartinger betreute Mannschaft auf dem 11. Tabellenrang mit nur 13 Punkten. Der bisherige Trainer wurde von Harry Höfer abgelöst. Am Ende reichte es für den 10. Tabellenrang. Auch im zweiten Jahr der OÖ-Liga wurde Trainer Harry Höfer weiterverpflichtet. Im Winter verstärkte der Vorstand die Abwehr mit dem ehemaligen Bundesligaspieler der SV Ried Günter Steininger. Nach Wunsch verlief die Meisterschaft jedoch nicht. Mit dem Aufstieg in die OÖ-Liga musste der Verein nun auch eine 2. Mannschaft stellen. Diese wurde in die 2. Klasse West eingeteilt. Unter Trainer Winfried Anetsberger schaffte die Mannschaft, die Großteil aus eigenen Nachwuchsspielern bestand, auf Anhieb den 3. Platz. Im zweiten Jahr sicherte sich der SK Altheim mit dem Vizemeistertitel den Aufstieg in die 1. Klasse. Mit Gerhard Mittermayr wurde zu Beginn der Saison 2005/2006 ein erfahrener Trainer nach Altheim geholt. Nach dem verlorenen Innviertler-Cup Finale gegen die Union Gurten verlief auch die Herbstsaison nicht nach Wunsch und war wieder im Abstiegskampf verwickelt. Am Ende freute sich der SK Altheim jedoch über eine ausgezeichnete Mittelfeldplatzierung.
Im Herbst 2005 legte Bernhard Vorich nach 11 Jahren ausgezeichneter Arbeit sein Amt als Präsident des SKA zurück. Sein Nachfolger Dr. Franz Mitterbauer übernahm dessen Aufgabe. Bedingt durch das gute Abschneiden der Mannschaft in der abgelaufenen Saison gab es wenig Grund im Bereich der Mannschaft sowie im Betreuerstab für die neue Saison 2006/07 Veränderungen vorzunehmen. Mit einer Serie von 4 Siegen zum Meisterschaftsende kletterte man in der Tabelle noch auf den 4. Endrang hinauf und erreichte damit das beste Abschneiden seit dem Aufstieg in die OÖ.-Liga. Für die zweite Mannschaft lief es in diesem Jahr nicht nach Wunsch. Trotz einer Siegesserie zum Ende der Frühjahrssaison beendete die zweite Mannschaft die Meisterschaft auf einem Abstiegsplatz. Nach zwei Jahren in der 1. Klasse trat die zweite Mannschaft den Weg zurück in die 2. Klasse an. Nach Erreichen des hervorragenden 4. Platzes in der Vorsaison vertraute der Vorstand auch in der neuen Saison 2007/08 auf Gerhard Mittermayr. Die 1b Mannschaft, die erstmals nur aus jungen Nachwuchsspielern bestand, wurde von Wolfgang Reiter übernommen. Winfried Anetsberger konzentrierte sich somit voll auf seine Aufgabe als Co-Trainer der Kampfmannschaft. Die Mannschaft konnte im Herbstdurchgang nicht an die Erfolge der Vorsaison anschließen und belegte mit mageren 14 Punkten den 10. Tabellenplatz. Auch der Trainerwechsel im Winter brachte nicht den gewünschten Aufschwung. Das Abstiegsduell gegen Perg am letzten Spieltag ging mit 2:3 verloren. Somit verabschiedete sich der SK Altheim im Jubiläumsjahr von der OÖ Liga und trat den Weg in die Landesliga West an. Die zweite Mannschaft erreichte in der Spielsaison 2007/08 in der 2. Klasse West den ausgezeichneten 4. Tabellenplatz.
Trotz der gedrückten Stimmung durch den Abstieg aus der OÖ.Liga in die Landesliga West feierte der SK Altheim im Sommer 2008 sein 60-jähriges Bestehen. Bei einem großen Fest wurde in Anwesenheit höchster politischer Vertreter die Eröffnung des Jugendtrainingsplatzes vorgenommen, welcher von der Stadtgemeinde Altheim in Zusammenarbeit mit dem Land Oberösterreich und dem SK Altheim errichtet wurde.