Trotz des Abstiegs in der letzten Saison feierte der SK Altheim im Sommer 1998 sein 50-jähriges Bestehen. Bereits in den Monaten zuvor wurden der Kabinentrakt und das Büffet generalsaniert und den Erfordernissen der damaligen Zeit angepasst. Sportlich verpflichtete man mit Gustav Kofler einen Trainer für die 2. Landesliga mit dem Ziel den Wiederaufstieg so bald als möglich zu schaffen. Nach anfänglichen Schwierigkeiten kam die Mannschaft immer besser in Schwung und so belegte der SK Altheim im Spieljahr 1998/99 bereits den dritten Platz und im darauffolgenden Jahr 1999/00 wurde der Vizemeistertitel nach Altheim geholt. Auch abseits des Fußballfeldes machte der SKA wieder verstärkt mit dem Faschingszug und der Ballermann-Party am Parkplatz der Brauerei Wurmhöringer auf sich aufmerksam. So senkte der Vorstand mit Ende der Saison 1999/00 den Schuldenstand auf unter €50.000,–. Nachdem Gustav Kofler zweimal knapp am Wiederaufstieg scheiterte, versuchte es der Vorstand des SK Altheim in der Saison 2000/01 wiederum mit einem neuen Trainer. Attila Supka (Spieler des SKA in den 80er Jahren), ein alter Bekannter, aus Ungarn wurde verpflichtet. Doch im Gegensatz zu den beiden vorangegangenen sehr erfolgreichen Saisonen in der 2. Landesliga wollte sich der Erfolg diesmal nicht einstellen. Trotz eines Trainerwechsels im Winter (Max Krapf) wechselten sich Niederlagen und Punktegewinn ab. Nach dem Beinahe-Abstieg in die Bezirksliga in der Vorsaison reagierte der Vorstand und verstärkte die Mannschaft für die neue Saison 2001/02. Doch trotz all dieser Bemühungen reichte es am Ende nicht für den Meistertitel und man belegte wieder nur den 2. Platz. Nach dem Ausscheiden des langjährigen sportlichen Leiters Johann Wöckl übernahm Karl Hager dessen Aufgabe. Es war nicht leicht, die Mannschaft so zu verstärken um den Wiederaufstieg in die 1. Landesliga endlich zu schaff en. Mit Christian Hartinger wurde ein erfahrener Trainer verpflichtet und die Mannschaft erneut verstärkt. Nach einer hervorragenden Frühjahrsrunde befand sich der SKA vor dem letzten Meisterschaftsspiel auf dem 2. Tabellenrang hinter Vöcklabruck. Das letzte Spiel konnte der der SK Altheim knapp mit 1:0 in Friedburg für sich entscheiden. Vöcklabruck verlor gegen Esternberg.
So schaffte der SK Altheim doch noch Meistertitel in der 2. Landesliga und feierte den Wiederaufstieg in die OÖ-Liga.