Mit dem Wiederaufstieg 1989 legten Obmann Günther Aichinger sowie Sektionsleiter Franz Jakob (nach 13 Jahren) ihre Ämter zurück. Da die Finanzen des SKA zum ersten Mal in seiner Geschichte ins Trudeln gerieten, war es nicht einfach, neue Funktionäre zu finden. Nach einer turbulenten Generalversammlung konnten schlussendlich die Mittel für eine erfolgreiche Zeit in der 1. Landesliga aufgestellt werden. Ludwig Fischer übernahm das Amt des Obmannes. Und die Position des Sektionsleiters übernahm Johann Wöckl, der Kapitän der Meistermannschaft 1988/89.
Nach Abschluss des ersten Jahres in der 1. Landesliga konnte man den guten 7. Platz und damit noch einen Cup-Platz erreichen. Mit der Verpflichtung von Alois Fehrer im Dezember 1990 gelang dem SKA ein Glücksgriff, welcher sich in zahlreichen Erfolgen widerspiegelte. Aber auch Spieler wie Harald Höfer, Mohamed Haddadi, Heinz Vitzkotter, Laci Pruckner, Sigi Osterkorn und der Stamm der eingesessenen Altheimer hatten großen Anteil an diesen Erfolgen. Im ÖFB Pokal sorgte der SKA einige Male für Furore. So durfte man im Sommer den GAK in Altheim begrüßen. Vor 2.000 Zuschauern verlor man nur knapp mit 3:4. Unter Trainer Alfons Frisch gewann das U-23 Team in der Saison 1990/91 die Meisterschaft der 1. Landesliga. In diesem Jahr schaffte es der SK Altheim bis ins Finale im Landescup, welches man gegen St. Magdalena leider mit 0:2 verlor.
In der Saison 1991/92 wurde mit dem Ex-Bayernspieler Sepp Weiss ein neuer Trainer bestellt. Dieser konnte mit dem Gewinn des Innviertlercups (1991) für den richtigen Einstand sorgen. Leider gab Sepp Weiss schon zu Ostern 1992 seinen Rücktritt als Trainer bekannt. Nachdem zahlreiche Kandidaten absagten, wurde der Ungar Barnabas Liebhaber als neuer Trainer vorgestellt. Nach der Niederlage gegen den Erzrivalen SV Braunau beendete man die Zusammenarbeit bereits nach der 2. Runde der Herbstsaison. Daraufhin kehrte Gerhard Feichtinger als Trainer zum SKA zurück, welcher einen tollen Einstand mit dem Sieg gegen Eibiswald im ÖFB-Cup feierte. Mit Rapid Wien zog man in der 3. Runde das große Los. Leider verlor man die Partie gegen den Rekordmeister vor mehr als 2.000 Zuschauern mit 0:3. Motiviert durch das Trainingslager in Florida wurde der SK Altheim beste Frühjahrsmannschaft und erreichte den 4. Platz in der 1. Landesliga mit nur 2 Punkten Rückstand auf den Meister Braunau, die den Aufstieg in die 2. Division schafften. Durch die angespannte Finanzlage musste man auch Alois Fehrer schweren Herzens zum SV Braunau wechseln lassen.