Nach der Herbstsaison 1993 trennte man sich einvernehmlich von Trainer Gerhard Feichtinger. Co- Trainer Rudolf Wakolbinger übernahm daraufhin das Traineramt und beendete die Meisterschaft mit dem 10. Platz. Mit Bernhard Grünbart, Thomas Gerstorfer und Hans Zehr wechselten erfahrene Spieler zum SKA. In dieser Saison beendete der langjährige Tormann Karl Weinhäupl seine überaus erfolgreiche Laufbahn beim SK Altheim. Highlight seiner Karriere: 4 gehaltene Elfmeter im Finale des OÖ Landescups gegen Rohrbach, dass dem SKA den Landescup-Titel sicherte. In dieser Zeit musste sich Präsident Ludwig Fischer und sein Team auf Grund der prekären Finanzlage großer Kritik aussetzen. Daraufhin wurde Ludwig Fischer von dem ehemaligen Fanclub-Obmann Bernhard Vorich als Präsident abgelöst. Gleichzeitig verließen mehr als 9 Spieler sowie Trainer Rudi Wakolbinger den SK Altheim. Mit Gerhard Filzmoser verpflichtete der neue Vorstand einen Trainer, welcher den Sparkurs voll mit unterstützte. Ihm war es zu verdanken, dass der SKA den Klassenerhalt in der Saison 1995/96 erreichte. In der Saison 1996/97 schaffte Gerhard Filzmoser und seine junge Mannschaft erneut den Klassenerhalt. Mit dem Sieg des Landes-Hallenmeistertitels und des Innviertler Hallencups kamen die sportlichen Höhepunkte nicht zu kurz. Dank der unermüdlichen Arbeit von Vizepräsident Karl Hager und seiner Lebensgefährtin Gerti Berger, war es möglich die Finanzlage des SKA wieder zu verbessern und den Schuldenberg zu verringern. Durch die etwas entspanntere Finanzlage war es möglich den Kader zu verstärken und mit dem Ex-Lask-Spieler Andi Roth ein neuer Spielertrainer verpflichtet. Entgegen aller Erwartungen spielte man doch um den Abstieg mit 4 Punkte aus 11 Spielen ließen die Stimmung auf den Nullpunkt sinken. Einvernehmlich trennte man sich von Andi Roth und holte erneut Gerhard Feichtinger nach Altheim zurück, der mit Co-Trainer Josef Lindlbauer versuchte noch verlorenen Boden gutzumachen. Doch mehr als ein Punkt sprang dabei nicht heraus und der SKA überwinterte mit der Roten Laterne. Um den Klassenerhalt zu schaffen, wurden in der Winterpause Hubert Möseneder und zwei Legionären aus Tschechien verpflichtet. So sorgte man mit dem Gewinn des OÖ Hallenlandesmeister im Winter noch für Aufbruchsstimmung. Doch schon in den ersten Spielen der Frühjahrsrunde erkannte jeder Fan, dass es nicht leicht werden wird, den Klassenerhalt zu schaffen. Mit nur 17 Punkten verabschiedete sich der SK Altheim aus der 1. Landesliga.
1994-1998
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